Die Gliederung der Ausstellung folgt nicht der in vielen Museen ägyptischer Kultur und Kunst üblichen historischen Struktur, sondern setzt an ihre Stelle eine thematisch determinierte Raumfolge. Der vom Leit- und Informationssystem empfohlene Rundgang führt vom Vestibül zu "Ägyptomanie - Ägyptologie", wo unter der bauzeitlichen ägyptisierenden Deckenmalerei die Wiederentdeckung Altägyptens dargestellt wird. Nach dieser Einstimmung bildet "Pharao" die erste Begegnung mit den Meisterwerken der altägyptischen Skulptur. Anschließend vermittelt "Drei Jahrtausende" in einer Abfolge von Porträtköpfen vom Alten Reich bis in die Römerzeit einen Eindruck von der historischen Dimension Altägyptens; hoch an die Wände projizierte Jahreszahlen liefern das chronologische Gerüst. "Ewiges Diesseits" ist mit den ausführlichen Bildfolgen der Grabkammern, den Reliefs und Stelen vom Alten bis zum Neuen Reich gleichzeitig eine Kulturgeschichte Ägyptens und eine Dokumentation des Glaubens an ein ewiges Leben. "Tempel" als Thema der Galerie um den Ägyptischen Hof verbindet die bauzeitlichen Wandbilder mit den Reliefs vom Alten Reich bis zur Ptolemäerzeit zu einem ägyptischen Weltmodell.
Zwischen zwei Löwenfiguren, um 1875 in Berlin geschaffenen Repliken der in Rom an der Treppe zum Kapitol liegenden Originale der Ptolemäerzeit, führt der Rundgang vom Vestibül über die monumentale Treppenhalle ins Obergeschoß. Eilige Besucher werden diesen direkten, deutlich ausgeschilderten Weg zu Nofretete wählen. Er führt zunächst in den Saal "Skulptur". In fünf Gruppen ist die formale Typologie der Darstellung des Menschen gegliedert, jede von ihnen in sich historisch strukturiert. Vor dem Hintergrund der typologischen Kontinuität wird die stilistische Evolution der ägyptischen Kunst sichtbar, und jede Skulptur entwickelt in einer eignen Vitrine oder einem "Käfig" ihr plstisches Volumen und ihre virtuelle Bewegung. "Amarna" führt mit Teje, Amenophis III. und den Funden der Berliner Amarna-Expedition zu "Echnaton und Nofretete", den Porträtköpfen der Königsfamilie, für die David Chipperfield einen sakralen Raum geschaffen hat, der zu einer intensiven Begegnung mit den Protagonisten der monotheistischen Revolution der Sonnenreligion des Aton einlädt. In einem Nebenraum zieht der "Spaziergang im Garten" die Blicke auf sich, die Reliefdarstellung des Tutanchamun mit Anchesenamun, der Tochter Echnatons und der Nofretete.
"Die" Nofretete hat ihren würdigen Platz im Nordkuppelsaal gefunden, einem wahren Thronsaal der "Ständigen Vertreterin Ägyptens in Deutschland", zu der sie der ägyptische Botschafter Mohamed Al Orabi ernannt hat. Es ist die eindrucksvollste Präsentation, die dieses Meisterwerk ägyptischer Kunst jemals erfahren hat, vom Bildhaueratelier in Amarna über die Villa des Grabungssponsors James Simon in der Tiergartenstraße, der die Büste durch die Fundteilung erhalten und 1920 den Staalichen Museen als Schenkung übereignet hatte, den nachträglich ins Neue Museum eingefügten Amarna-Raum, die Evakuierung in die Bergwerksstollen im thüringischen Merkers, den Central Collecting Point in Frankfurt, das Landesmuseum Wiesbaden, die Rückkehr nach Berlin-Dahlem, das Ägyptische Museum in Charlottenburg und die Zwischenstationen im Kulturforum und im Alten Museum, wo sie kurz vor ihrem Einzug in den Nordkuppelsaal im Sommer 2009 für wenige Monate der anderen großen Frauenpersönlichkeit der ägyptischen Geschichte Aug in Aug(en) gegenüberstand, Kleopatra.
Der Ägypten-Rundgang im 1. Obergeschoß des Neuen Museums findet seinen Abschluß in der "Bibliothek der Antike". Sie hat ihren Platz im Niobidensaal, der in seinem ausgezeichneten Erhaltungszustand ein Ausstellungsobjekt eigener Wertigkeit darstellt. In vier lange Tische, die sich dem Raum harmonisch einfügen, sind auf übereinander angeordneten Schiebeböden Textzeugnisse aus fünf Jahrtausenden zu sehen, Papyri, Ostraka, Pergamente, Codices, illuminierte Handschriften in allen Schriften und Sprachen des Orients von den Abusir-Papyri um 2300
v. Chr. und den altägyptischen Klassikern wie Sinuhe über die griechischen Autoren, das Alte und Neue Testament bis zu Koran-Handschriften des Mittelalters. Sie zeigen einen repräsentativen Querschnitt durch die reichen Bestände der Papyrussammlung. Dazu kommen Keilschrifttafeln des Vorderasiatischen Museums und illuminierte arabische Codices des Museums für Islamische Kunst.
"Staunliches waltet viel, doch ncihts Erstaunlichres als der Mensch" steht über der Tür, die vom Niobidensaal in den Bacchussaal führt - geradezu ein Motto der "Bibliothek der Antike".
Die "side-galleries" des Ägyptischen Museums mit deen Themen der Kultur- und Religionsgeschichte sind beiderseits der Archäologischen Promenade in den Gewölberäumen der Ebene 0 angeordnet. "Alltagswelt" und "Lebensraum Niltal" geben in Großraumvitrinen einen Einblick in die Lebenswelt des alten Ägypten. "Götterwelt" positioniert entlang dem Nillauf die tier-, menschen- und mischgestaltigen Bronzefiguren altägyptischer Götter. Die "Jenseitswelt", unmittelbar neben "Jenseits und Ewigkeit" der Archäologischen Promenade gelegen, zeigt in vollständigen Grabensembles des Mittleren Reiches, der Spätzeit und der römischen Kaiserzeit die Kontinuität der Jenseitsvorstellungen und den Wandel ihrer künstlerischen Äußerungsformen.
Das Highlight der Ebene 0 ist der "Antike Sudan". Die preußische Niltal-Expedition 1842-1845 brachte eine reiche Sammlung sudanesischer Altertümer nach Berlin. Ihren besonderen Charakter erhält diese Abteilung jedoch durch die langfristige Leihgabe von Reliefblöcken eines meroitischen Tempels, den eine Expedition des Ägyptischen Museums Berlin in den Jahren 2005 bis 2009 in der meroitischen Stadt Naga ausgegraben hat. Drei Segmente der Tempelreliefs bilden ein außerhalb des Sudan einzigartiges Zeugnis der Kunst einer Region, die die Brücke zwischen Afrika und der Mittelmeerwelt bildet.
Das monumentale Ägypten findet im Neuen Museum keinen Platz. Der Säulenhof des Pyramidentempels des Sahurê, das Tempeltor aus Kalabscha, eine Schenkung der Arabischen Republik Ägypten an Deutschland, der Obelisk Ramses' II., der Torso einer Kolossalstatue des Tutanchamun werden erst um 2025 im vierten Flügel des Pergamonmuseums den ägyptischen Part in der einzigartigen Präsentation der Monumentalarchitektur der Antike übernehmen.